우리나라에서 도쿄로 가는 항공편은 매우 많다. 대한항공, 아시아나 항공, 일본항공, 일본 에어시스템, 전일본공수, 노스웨스트 항공, 유나이티드 항공 등이 나리타 신도쿄 국제공항에 취항하고 있다. 또 일본 국내선에서만 개방되는 하네다 공항의 일부도 국제공항으로 전환되어 승객을 맞고 있다. 인천 국제공항에서 나리타 공항까지 약 2시간이 소요된다.
일본의 다른 도시에서 도쿄로 가는 방법은 국내선 비행기, 기차, 버스를 이용하는 방법이 있다. 비행기는 도쿄와 다른 지역 간을 긴밀하게 연결하고 있으며 주로 하네다 공항을 이용한다. 나리타 공항에서는 삿포로, 나고야, 오사카, 히로시마, 후쿠오카 등 5개 도시가 항로로 연결되어 있다.
철도는 도쿄를 기점으로 도쿄, 우에노, 신주쿠, 시나가와 역에서 전국으로 철도가 연결되어 있다. 도쿄에서 남쪽으로 갈 때는 도쿄 역을, 북쪽으로 갈 때에는 우에노 역을 이용하면 편리하다. JR 신칸센을 이용할 경우 후쿠오카에서 도쿄 역까지는 5시간에서 6시간 정도 걸린다. 신오사카 역에서는 2시간 30분에서 3시간 정도가 걸리며 나고야 역에서는 약 2시간이 걸린다. 삿포로에서 도쿄까지 가는 가장 경제적인 방법은 JR 야간 급행 하마나스 호로 아오모리가지 간 후, 아오모리에서 JR 특급 츠가루호로 갈아타고 하치노헤 역에서 내려 다시 JR 도호쿠 신칸센 하야테호를 이용하는 것이다. 총 소요 시간은 12시간 정도이다. 야간 급행 하마나스호의 좌석칸과 카펫카는 JR 패스로 이용 가능하다.
대부분의 고속버스는 도쿄 역의 니혼바시 출구나 야에스 남쪽 출구, 신주쿠 역의 신남쪽 출구로 들어온다. 오사카, 고배, 교토, 나라, 나고야에서 JR 패스로 이용 가능한 야간 고속버스가 운행되고 있다. 7시간에서 8시간 정도 걸리며 숙박비를 절감할 수 있는 경제적인 방법이다.
도쿄의 주요 철도 역은 도쿄 역, 우에노 역, 신주쿠 역, 이케부쿠로 역, 시부야 역 등이 있다. 도쿄는 사계절의 변화가 그리 뚜렷하지 않다. 장마는 대략 6월 중순경부터 시작해서 덥고 습도가 높은 날이 한 달 정도 지속된다. 겨울은 우리나라보다 따뜻하고 여름은 무더운 편이며 습도도 높다. 도쿄를 여행할 때는 우리나라의 기후를 기준으로 옷을 준비하면 무난하다. 하지만 9월 경에는 강한 태풍이 불고 많은 비가 내리므로 비옷이 필요하다. 10월은 우리나라보다 기온이 조금 높은 편이다.
나리타 신도쿄 국제공항은 도쿄에서 북서쪽으로 약 60km 정도 떨어진 곳에 위치하고 있다. 2개의 청사가 있는데 대한항공, 아시아나 항공, 전일본공수, 유나이티드 항공, 노스웨스트 항공은 제1터미널에서 출발하고 도착한다. 반면 일본항공, 일본 에어시스템은 제2터미널에서 출발 및 도착한다. 2개의 터미널 사이에는 무료 셔틀버스가 운행된다. 10분에서 20분 간격으로 운행되며 소요 시간은 약 10분 정도 걸린다. 나리타 신도쿄 국제공항과 도쿄 시내를 연결하는 대중교통 수단은 시테츠인 케이세이센 특급, JR 특급 나리타 익스프레스, 리무진 버스, 택시 등이 있다. 시내 목적지까지 가장 빠르게 가려면 JR 특급 나리타 익스프레스를 이용하면 된다.
여행객이 가장 많이 이용하는 것은 케이세이센 전철 특급이다. 종점인 케이세이 우에노 역까지 1시간 15분밖에 걸리지 않으며 요금도 다른 교통 수단에 비해 저렴하다. 같은 회사에서 운행하는 케이세이 스카이라이너는 케이세이 전철보다 요금이 비싸다. 도착하는 시간 차이도 그리 크지 않아 가격 대비 효율성은 떨어진다.
공항에서 케이세이센이나 JR 이용 시 주의할 점이 있다. 케이세이센 특급은 시내를 운행하는 일반 전차와 시설이나 이용 방법과 큰 차이는 없다. 하지만 지정석으로 운영되기 때문에 반드시 좌석을 예매해야 한다.
JR이나 케이세이센을 이용해 도쿄 시내에서 공항으로 갈 경우에는 자신이 이용할 항공사의 체크인 카운터가 있는 터미널을 미리 알고 가야 한다. 제1터미널을 이용하는 승객은 종점인 나리타 공항 역에서, 제2터미널 이용 승객은 공항 제2빌딩 역에서 하차한다. 제1터미널과 제2터미널의 체크인 카운터를 잘 확인하도록 한다. 케이세이센은 공항 제2빌딩 역으로 들어가기 바로 직전에 케이세이 나리타 역에도 정차한다. 역 이름 때문에 혼동이 있을 수 있지만 나리타 국제공항과는 관계가 없는 역이기 때문에 이곳에서 하차하지 않도록 주의해야 한다.